Alpha Protocol inspireson intrigue bien ficelée des films d'espionnage de James Bond ou de Jason Bourne et multiplie les références à la série 24 Heures Chrono. Tel Jack Bauer, Michael Thorton devra voyager à travers le monde entier afin de remplir plusieurs missions et d'obtenir des informations qui l'aideront à déjouer la conspiration. L'une de ses missions le mènera par exemple en Arabie Saoudite où il devra trouver le vendeur de missiles censés servir lors d'un attentat terroriste.

Entraîné à éliminer toute menace proférée contre les Etats-Unis, l'agent de la CIA disposera d'un arsenal d'armes perfectionnées et de gadgets. Michael maîtrisera par ailleurs plusieurs techniques de combat rapproché. Son comportement envers les personnages non jouables du jeu, ses relations, ses actions et ses paroles impacteront en outre sur l'histoire et pourront modifier l'évolution de la partie.